Quando chegou ao Vitória em fevereiro de 1992, Flávio Tanajura não precisou lidar com a desconfiança de quem acabava de chegar do Bahia, maior rival. Em pouco tempo em jovem zagueiro de 17 anos ganhou a confiança da torcida e tornou-se sinônimo de Vitória.
Entre 1992 e 2000, Flávio disputou 323 partidas com a camisa do Vitória e se tornou o jogador que mais vezes vestiu a camisa do clube. Flávio acompanhou de perto transformação do estádio Manoel Barradas no santuário do Vitória.